De jeugdafdeling is één van de belangrijkste afdelingen binnen FC Eibergen. De jeugdopleiding is de kweekvijver voor 'het grote werk'. Zonder jeugd heeft de club geen toekomst, zonder goed opgeleide jeugd heeft de club geen sportieve toekomst. Doelstelling van de jeugdafdeling is dan ook het leveren van een bijdrage aan een goede opleiding, groei en voetbalplezier van jeugdspelers in samenwerking met de teamleiders, de trainers en andere vrijwilligers.

Ook binnen de jeugdafdeling wordt onderscheid gemaakt tussen prestatief en recreatief voetbal. In elke leeftijdscategorie wordt met twee teams prestatie gericht gespeeld, de overige teams zijn meer in recreatief verband actief. Bij alle spelers en elftallen is het 'plezier in het spelletje hebben' uitgangspunt, of er nuom de prijzen wordt gespeeld of niet.

Naast de wedstrijden en toernooien worden voor de jeugd ook diverse andere activiteiten georganiseerd, zoals het jaarlijkse Sinterklaasfeest, zaalvoetbaltoernooien, droppings en de jaarlijkse verenigingsdag.